Concluida la Guerra Hispanoamericana con la victoria de los Estados Unidos sobre España y ratificado el Tratado de París, el Cuartel de Infantería de Ballajá pasó a manos del nuevo gobierno el 20 de octubre de 1898, instituyéndose el San Juan Post. Al llegar las primeras unidades del Ejército de los Estados Unidos a San Juan después del armisticio, el Cuartel de Infantería de Ballajá albergó el personal del cuartel general y cuatro compañías (denominadas C, K, L, y M) del 11vo. Regimiento de Infantería de los Estados Unidos.
El ejército estadounidense ocupó una buena parte de este sector de San Juan para sus instalaciones militares. A esta base militar se le dio el nombre de Fuerte Brooke en honor al primer gobernador militar de Puerto Rico, el Mayor General John R. Brooke. Los predios del fuerte lo comprendían los castillos de El Morro y de San Cristóbal, los baluartes, las murallas, el Asilo de Beneficencia, el Convento de los Dominicos, el Cuartel de Infantería de Ballajá, el Hospital de la Concepción El Grande, la Casa Blanca y la parte posterior de la Fortaleza hasta el Baluarte de Santa Catalina, siguiendo el recinto amurallado hasta El Morro.
En cuanto a los remanentes residenciales del barrio, se establecieron en ellos espacios comerciales destinados al entretenimiento y servicio para las tropas estadounidenses. Considerando los datos censales, llama la atención el hacinamiento en el pequeño sector de Ballajá, lo que a su vez suscitó serios problemas de privacidad y salubridad entre esta comunidad trabajadora de escasos recursos.
En 1918, la isla se estremeció por un fuerte sismo y el Cuartel fue una de las edificaciones más afectadas en San Juan pues sufrió severas grietas en sus muros. En 1938, el Departamento del Ejército de los Estados Unidos incluyó al edificio en un proyecto de reparación que removió pisos, así como las escaleras de los pabellones y las secundarias, hechas en madera, para que estas fueran reemplazadas por construcciones de hormigón. Casi la mitad de las vigas, que originalmente eran de madera de árbol de ausubo, fueron reemplazadas por vigas de hormigón como parte de la modernización del edificio.
Para evitar que el Departamento Médico del ejército tuviera que distribuir su personal a través del Caribe, se seleccionó al hospital del San Juan Post para establecerse. Con la inversión de un millón de dólares para la adaptación del antiguo cuartel como anejo al hospital militar (antiguo Hospital de la Concepción El Grande), el conjunto de las dos edificaciones se convirtió en una gran institución hospitalaria con capacidad para 500 camas. Este conjunto se identificó en 1939 como Hospital General Número 161 y posteriormente, a partir del 19 de septiembre de 1944, se le conoció como Hospital General Rodríguez en honor al comandante Fernando Rodríguez (1888-1932), prominente cirujano dental puertorriqueño.
El ejército estadounidense inició el desalojo, expropiación y demolición de los remanentes residenciales y comerciales del barrio de Ballajá en 1940 con el propósito de utilizar estos espacios como estacionamiento de vehículos militares. Este proceso, promovido por el inicio de la Segunda Guerra Mundial, se facilitó dado que los habitantes de estos remanentes del barrio eran en su mayoría inquilinos y no propietarios.
Durante la década del sesenta, la importancia del Fuerte Brooke disminuyó, por lo que el Departamento del Ejército de los Estados Unidos declaró inactiva la base en 1966, con la excepción del Hospital Rodríguez. El Hospital continuó brindando sus servicios de manera limitada, lo que aceleró aún más el deterioro de su planta física. Sin embargo, esta institución brindó un último servicio cuando fue utilizado como albergue para unas 2,245 víctimas de las inundaciones que ocurrieron en octubre de 1970 como resultado de una depresión tropical. Poco después, el Hospital Rodríguez inició un periodo de clausura que duró 20 años.
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